[01276321]一种基于Bam文件计算机深度与覆盖度的软件V1.0

课题来源与背景：本项目是甘蔗优良新品种选育及推广部分内容，编号为桂科AA17202042-6

研究目的与意义：对NGS重测序分析，由于测序得到的原始数据是短序列（fq read），通常需要把这些短序列比对到物种组装得到的基因组上面，得到比对结果SAM/Bam，得到比对Bam文件后，往往第一件分析就是基于Bam比对结果进行统计，统计中最为重要的两个指标主是测序深度和覆盖度。

如何通过Bam结果快速统计出基因组的平均深度和覆盖度，同时又不占用太多计算资源，就是本程序就研发的重点。Bam Coverage可以直接读入Bam/Sam格式的文件，快速统计基因组的平均深度和覆盖度，同时以压缩格式输出各位点的深度信息。

主要论点与论据：程序是读Bam统计各位点的深度信息，给出各位点的深度和给全基因组的平均深度和覆盖度，由于了bam的header信息各条染色体的长度，所以不必过多输入参考基因组的信息，添加一个参数，把比对质量差的read过滤掉。然后输出相关信息。

创见与创新：快速高效，不占内存。兼容读压缩格式

社会经济效益及存在的问题：快速将对Bam/Sam格式文件进行统计，输出基因组的平均深度和覆盖度。

快速高效低内存，兼容读压缩格式，输出结果是以压缩格式，可以节省空间。

历年获奖情况：未进行报奖和获奖。

成果简介向社会公开：本程序实现了将基于Bam比对结果，快速统计其深度情况，给出各位点的深度和给全基因组的平均深度和覆盖度，由于bam的header信息有各条染色体的长度，根据这长度动态生成了二维数组，然后每读一条比对的read后，对应的区域深度累加。

其中程序读bam/Sam时直接调动了samtools里面的hstlib相关函数，可快速读入。

程序功能目的明确单一，没有过多参数，用户一看即明，容易上手使用。