[01266915]水稻中PTR2基因家族的识别软件V1.0
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技术详细介绍
本软件的主要功能是基于水稻PTR2家族基因（cDNA）中的2段保守的（DNA）结构，快速识别水稻转录组数据中的PTR2家族基因。
本软件基于水稻PTR2家族基因（cDNA）中的2段保守的（DNA）结构，采用序列相似性查找的方法，识别水稻转录组数据中的PTR2基因家族单基因簇（Unigenes）。
基于BLASTn的相似性序列查找充分考虑了核酸水平的相似性（identity）和覆盖度（coverage），提高了该软件预测水稻PTR2基因家族的准确性。
BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具;常用的有BLASTn（核苷酸序列比对检索）和BLASTn（蛋白比对检索）。
软件运行的基本流程如图1所示。递交水稻的转录组数据（FASTA格式的cDNA文件）后，运行本软件。
（1） 基于相似性比对的策略识别水稻的转录组数据Unigenes中的保守结构1和保守结构2。
（2） 获取匹配到的初步预测结果的进行汇总和筛选，选取用户最关心的数据信息进行展示;将预测结果写入纯文本文档（.txt格式），展示给用户。
本软件采用BLASTn的方法识别水稻转录组数据中包含PTR2家族基因的保守结构1和保守结构2的Unigenes设置H-value（公式1）≥0.36作为水稻PTR2家族基因预测结果阳性的阈值，H-value充分考虑了BLASTn结果的核酸相似性和覆盖度，增强了该软件预测水稻转录组数据中包含PTR2家族基因的准确性。
对于FASTA格式的单条序列文件，本软件直接运行图1所示流程图，得到序列的PTR2家族基因的保守结构1和保守结构2的预测结果。
对于Mulit-FASTA格式的多序列文件，本软件通过循环每次调取一条序列DNA序列进行PTR2家族基因的保守结构1和保守结构2的预测，最后将每条序列的预测结果进行汇总，输出汇总后的结果给用户。